El rector, es quien ejecuta las decisiones del Gobierno Escolar. Es nombrado por el Arzobispo de Medellín, quien tiene la legítima potestad para nombrar y remover del cargo al rector, mediante decreto como acto jurídico (Cfr. CIC 129 parágrafo 1 y 51-52), que le concede las facultades ordinarias para actuar como representante del Liceo San Rafael de Belén ante la ley y la comunidad.
Cumple entre otras, las siguientes funciones de conformidad con lo ordenado por el Artículo 25 del Decreto 1860 de 1994, el Artículo 10 Ley 715 de 2001 y el Decreto 180 de 1997:
Algunas de sus funciones son:
- Orientar la ejecución del PEI del Liceo y aplicar las decisiones del Gobierno Escolar.
- Participar de las actividades propuestas y orientadas por la Fundación Arquidiocesana para la Educación y acatar las recomendaciones dadas por el Consejo Superior.
- Animar los procesos institucionales y cumplir con las obligaciones correspondientes para la buena marcha del Liceo.
